ceea ce ei considerau a fi o separare spirituală a naţiunii române cauzată de Biserica Unită. Însă această a doua unire nu era încheiată. În ciuda dispariţiei oficiale a Bisericii lor, numeroşi preoţi şi credincioşi greco-catolici şi-au păstrat religia în moduri ingenioase.

Partidul s-a lansat într-un mod la fel de agresiv împotriva Bisericii Romano-Catolice din România, mai ales, se pare, fiindcă aceasta făcea parte dintr-o organizaţie occidentală, internaţională, ostilă comunismului şi nu voia să se supună controlului impus Bisericii Ortodoxe Române. Structura etnică a Bisericii complica şi mai mult problema, deoarece majoritatea membrilor săi nu erau români, ci maghiari. Gheorghiu-Dej a dat glas intenţiilor partidului în cadrul congresului acestuia din februarie 1948, când a denunţat Vaticanul numindu-l membru al „taberei imperialiste”. Măsurile ulterioare au urmat modelul sovietic în relaţia cu Biserica Romano-Catolică. Partidul român a abrogat Concordatul din 1927, a confiscat instituţiile de învăţământ ale Bisericii şi alte proprietăţi, i-a înlăturat pe reprezentanţii Vaticanului în 1950, iar în 1951 a trimis în judecată un număr de prelaţi acuzaţi de spionaj în favoarea „puterilor imperialiste”. Probabil cel mai uimitor caz dintre toate l-a implicat pe conducătorul Bisericii din Transilvania, episcopul de Alba Iulia Áron Márton (1896-1980). Episcop din 1938, el a fost arestat şi închis în 1949, deoarece se opusese măsurilor luate de Partidul Comunist împotriva Bisericii. Eliberat în 1955, Márton a vrut să preia din nou treburile Bisericii, însă a fost pus sub arest la domiciliu la Alba Iulia până în 1967. Cu toate acestea, a continuat să supervizeze afacerile Bisericii tot restul vieţii sale. Relaţiile dintre statul român şi Biserica Romano-Catolică din România sau Vatican au rămas tensionate pe toată durata anilor 1950.

Şi alte Biserici nonromâne au fost subordonate noii ordini, pierzându-şi astfel şcolile şi majoritatea proprietăţilor, cu excepţia bisericilor propriu-zise, şi încetând să aibă un rol semnificativ în afacerile publice. Biserica Reformată Maghiară şi Biserica Unitariană, Biserica Evanghelică Săsească şi unele dintre aşa-numitele secte neoprotestante, precum baptiştii şi penticostalii, au reuşit să-şi continue activităţile strict religioase, însă întotdeauna sub atenta supraveghere a partidului, prin intermediul Departamentului Cultelor.

Un alt front în „lupta culturală” implica minorităţile. În 1947, când comuniştii au ajuns la putere, cele mai importante patru minorităţi erau maghiarii, germanii, evreii şi ţiganii. În anumite privinţe, membrii acestora au avut o soartă comună în următoarele patru decenii. De la bun început, au fost subordonaţi partidului şi obiectivelor acestuia şi au trebuit să se alăture făuritorilor socialismului. De asemenea, au suferit aceleaşi procese de transformare economică, socială şi culturală ca românii. Apoi, în anii 1960 şi mai târziu, pe măsură ce doctrina comunismului naţional a câştigat teren, existenţa lor ca etnii distincte a devenit şi mai problematică. Minorităţile au învăţat din aceste experienţe că partidul nu tolera nicio iniţiativă independentă din partea lor şi nicio formă de concurenţă din partea organizaţiilor lor. Cu timpul, două minorităţi – germanii şi evreii – s-au convins că nu aveau niciun viitor în România comunistă şi au părăsit ţara în număr mare, pe când celelalte două – maghiarii şi ţiganii – au rămas.

Maghiarii din Transilvania au fost pentru liderii comunişti români cea mai problematică minoritate. Maghiarii şi secuii erau cele mai mari minorităţi (1.588.000 în 1956), ale căror rădăcini istorice adânci în Transilvania le făceau să o considere patria lor. Elita de partid nu s-a gândit niciodată serios să le ofere autonomie administrativă sau culturală. În schimb, a păstrat puterea în mâinile sale şi, cel mult, le-a permis maghiarilor forme de reprezentare în cadrul organizaţiilor aprobate, aşadar lipsite de substanţă. Regiunea Autonomă Maghiară (RAM) este o ilustrare frapantă a politicii comuniste. Cuprinzând judeţele din estul Transilvaniei, cu vaste majorităţi de secui, regiunea a fost creată în 1952 sub presiunea partidului sovietic şi, din câte se pare, la cererea lui Stalin, ca mijloc de soluţionare a problemei minorităţii maghiare în stil sovietic. Potrivit Constituţiei României din 1952, RAM beneficia de un statut special şi administraţia sa avea să fie aleasă de locuitori, urmând să fie aprobată de principalul corp legislativ al ţării, Marea Adunare Naţională. Însă Adunarea nu a aprobat nimic, deoarece partidul nu avea de gând să recunoască formal autonomia maghiară. Astfel, RAM nu se bucura de o autonomie reală ; era condusă la fel ca toate celelalte regiuni, de la Bucureşti, şi a fost dizolvată în cele din urmă în 1968.

Toate măsurile luate de Partidul Comunist în timpul lui Gheorghiu-Dej şi al succesorului său, Nicolae Ceauşescu, au restrâns necontenit activităţile instituţiilor economice şi culturale maghiare care supravieţuiseră luptei pentru putere din 1944-1947. Naţionalizarea afacerilor şi băncilor alături de colectivizarea agriculturii au distrus burghezia şi alte elemente de seamă ale societăţii maghiare şi au subminat bazele economice ale bisericilor, şcolilor şi asociaţiilor culturale maghiare. Partidul Comunist a dat o lovitură puternică educaţiei în limba maghiară prin legea din 1948 de naţionalizare a tuturor şcolilor, care a dizolvat vastele reţele şcolare ale Bisericilor ungureşti (581 de şcoli reformate, 468 romano-catolice, 34 unitariene). Apoi, spre sfârşitul anilor 1950, partidul a iniţiat o politică ce avea să-i asimileze cu timpul pe studenţii maghiari în şcolile româneşti. Se pare că această politică era inspirată într-o anumită măsură de îndoielile partidului cu privire la loialitatea maghiarilor în lumina simpatiei lor pentru Revoluţia din Ungaria din 1956. Cel mai dramatic eveniment din această campanie a fost, fără îndoială, unificarea Universităţii maghiare Bolyai cu Universitatea Babeş din Cluj-Napoca în 1959, urmată de o reducere a volumului predării în limba maghiară. Dispariţia Universităţii Bolyai a simbolizat o schimbare fundamentală în principiile călăuzitoare ale regimului comunist român. Elita punea deja bazele naţional-comunismului şi, începând cu anii 1960, vorbea tot mai mult despre „naţiunea socialistă”, concept care constituia justificarea ideologică a omogenizării culturale (şi socioeconomice). A devenit tot mai evident faptul că naţiunea socialistă la care se gândea elita era etnică şi română.

Saşii din Transilvania erau profund slăbiţi după al Doilea Război Mondial şi în perioada de tranziţie