talentat şi curajos, Aleksandr Antonov (nicio legătură cu Antonov-Ovseenko), care a reunit ţăranii într-o forţă de gherilă puternică, ducând un război de partizani împotriva trupelor Armatei Roşii şi mai ales a detaşamentelor speciale Ceka trimise să lichideze rebeliunea. La începutul anului 1921, Antonov conducea deja o forţă cu un efectiv între 20.000 şi 50.000 de partizani, cu care lansa atacuri-surpriză împotriva trupelor bolşevice şi a obiectivelor administrative. După fiecare astfel de raid, partizanii dispăreau în sate. Moscova i-a declarat pe rebeli „bandiţi” şi a trimis întăriri în Tambov, dar rezultatele întârziau să apară, fiindcă Armata Roşie era lipsită de experienţa luptelor de gherilă. A devenit astfel evident că singura cale de a pune capăt tulburărilor era izolarea partizanilor de familiile şi sprijinitorii lor, lucru care presupunea recurgerea la teroare: internarea în lagăre de concentrare, luarea de ostatici şi executarea lor, deportările în masă. Antonov-Ovseenko a cerut şi a obţinut din partea Moscovei autorizaţia de a recurge la astfel de măsuri.

Foametea nu lovise însă numai regiunile rurale. În iarna 1920–1921, situaţia aprovizionării cu alimente şi combustibil în oraşele din partea europeană a Rusiei amintea de zilele din preajma Revoluţiei din Februarie. La Petrograd, care era din nou cel mai afectat datorită depărtării sale faţă de regiunile producătoare de cereale, fabricile au trebuit să fie închise: muncitorii rămaşi fără lucru străbăteau satele în căutare de hrană, riscând să fie opriţi de „detaşamentele preventive”, care le confiscau încărcătura.

În februarie 1921, pe fundalul foametei şi al şomajului din ce în ce mai răspândite, marinarii de la baza navală din Kronstadt, pe care Troţki îi ridicase cândva în slavă, numindu-i „mândria şi frumuseţea” Revoluţiei, au înălţat steagul revoltei.

Scânteia care a aprins revolta a fost un ordin al guvernului prin care raţia de pâine la Moscova şi Petrograd, deja insuficientă, era redusă cu o treime. Măsura a provocat tulburări şi greve în cele două oraşe. La sfârşitul lui februarie 1921, muncitorii din Petrograd au ameninţat cu declanşarea unei greve generale, dacă nu erau asigurate – pe lângă dreptul de a procura hrană de la ţărani în mod neîngrădit – alegeri corecte pentru soviete, libertatea de expresie şi încetarea terorii politice. Când veştile despre tulburările din mediul industrial au ajuns la baza navală, marinarii şi-au însuşit lozincile muncitorilor şi au creat un Comitet Revoluţionar Provizoriu, însărcinat cu apărarea insulei împotriva previzibilului atac dinspre continent. Răzvrătiţii nu îşi făceau iluzii că ar fi putut rezista puternicei Armate Roşii, dar sperau să poată ralia cauzei lor restul ţării şi al forţelor armate.

Aşteptările le-au fost înşelate. Spre deosebire de Nicolae al II-lea, Lenin a reacţionat. Susţinut de Troţki, el a pus revolta din Kronstadt pe seama unor generali albi aşa-zis manipulaţi de socialist-revoluţionari şi de serviciile de informaţii franceze. Lenin l-a trimis pe Troţki la Petrograd, pentru a prelua comanda operaţiunii. Troţki le-a ordonat răzvrătiţilor să se predea neîntârziat, în caz contrar riscând represalii armate: cu mici diferenţe, ultimatumul său părea opera unui guvernator general din vremea ţarismului. Troţki a ordonat de asemenea luarea de ostatici din rândul soţiilor şi copiilor marinarilor răzvrătiţi.

La 7 martie, trupele Armatei Roşii, sub comanda lui Tuhacevski, au atacat baza Kronstadt, trecând peste apele îngheţate. În ariergarda atacatorilor se găseau detaşamente de mitraliere ale Ceka, ce primiseră ordinul de a-i împuşca pe soldaţii care ar fi încercat să se retragă. Asaltul s-a încheiat în mod dezastruos, tirul dinspre baza navală secerându-i pe atacatori. O parte a soldaţilor Armatei Roşii au refuzat ordinul de a pomi la asalt; circa 1000 dintre ei au trecut de partea rebelilor. Troţki a ordonat executarea fiecărui al cincilea soldat dintre cei care refuzaseră să îndeplinească ordinele.

În ziua următoare, Comitetul Revoluţionar Provizoriu din Kronstadt a emis o declaraţie programatică, „Pentru ce luptăm”, în care bolşevicii erau acuzaţi că trădaseră Revoluţia şi instauraseră o tiranie mai cruntă decât ţarismul. Naţiunea era chemată să răstoarne „autocraţia comunistă”, înlocuind-o cu un regim democratic bazat pe alegeri corecte pentru soviete.

În săptămâna care a urmat, Tuhacevski s-a străduit să „taie suflul” celor din bază prin raiduri nocturne, continuând în acelaşi timp să aducă întăriri. Lipsa de reacţie la apelurile lor a restului ţării i-a descurajat pe marinari, ale căror provizii de alimente erau pe sfârşite. Asaltul final, la care au participat 50.000 de soldaţi roşii împotriva celor 17.000 de apărători, a fost declanşat în noaptea de 16 spre 17 martie. Forţele atacatoare au reuşit să se strecoare neobservate până în apropierea bazei. A urmat o luptă pe viaţă şi pe moarte, corp la corp. În dimineaţa de 18 martie, comuniştii controlau insula. Au ucis câteva sute de prizonieri. Restul apărătorilor, în afară de cei care reuşiseră să se refugieze peste gheţuri în Finlanda, au fost trimişi în lagăre de concentrare în Nordul îndepărtat, de unde puţini aveau să se mai întoarcă. Operaţiunea nu a sporit reputaţia lui Troţki, dimpotrivă; deşi îi plăcea să revină adesea asupra triumfurilor lui militare şi politice, în memoriile pe care le-a redactat în exil nu a făcut nicio referire la rolul lui în tragedia de la Kronstadt.

În timp ce răzvrătirea marinarilor din nord era înfrântă, revolta din Tambov continua cu o forţă sporită. Lenin şi Troţki primeau rapoarte periodice de la comandamentul Comitetului Militar-Revoluţionar, în care operaţiunile împotriva „bandiţilor” erau descrise ca şi cum ar fi fost vorba de un război în toată regula. Deşi comandamentul anunţa că înregistrează victorie după victorie, Moscova a trebuit să accepte realitatea: rebelii, care foloseau tactici de luptă neconvenţionale, nu puteau fi învinşi prin mijloacele militare obişnuite. Lenin a hotărât de aceea să recurgă direct la teroare. Încredinţând responsabilitatea operaţiunii lui Tuhacevski, care comanda o armată de peste 100.000 de soldaţi, el i-a autorizat pe acesta şi pe Antonov-Ovseenko să ia toate măsurile pe care le considerau necesare pentru a-i lipsi pe partizani de sprijinul populaţiei. Pe baza listelor de partizani obţinute de la informatori plătiţi, Ceka a trecut la încarcerarea membrilor familiilor acestora. Antonov-Ovseenko îi raporta lui Lenin că, pentru a-i convinge pe oameni să vorbească, comandanţii roşii foloseau următoarele metode:

 

În sate se pronunţă „sentinţe” speciale, fiind enumerate crimele