Antonescu a început numaidecât să înlocuiască vechea ordine politică cu ceea ce a numit mai târziu „stat naţional-totalitar”. Şi-a dezvăluit dezgustul faţă de partidele politice şi practicile democraţiei româneşti, pe care le considera în mod inerent defectuoase. În spatele eşecului democraţiei se afla, după părerea lui, cultivarea libertăţii, care punea interesele indivizilor mai presus de cele ale colectivităţilor şi ale statului. Drept urmare, în noua sa ordine, partidele politice nu şi-au mai găsit locul. Propunerile anterioare, pe care le făcuse lui Iuliu Maniu şi lui Constantin Brătianu, preşedintele Partidului Liberal, de a crea un guvern de unitate naţională fuseseră doar o manevră care să-i permită să exploateze experienţa Partidului Naţional-Ţărănesc şi a Partidului Liberal, şi chiar împărţirea puterii cu Garda de Fier, în lumina evenimentelor ulterioare, nu fusese decât un tertip temporar.

În afacerile externe, cea mai presantă grijă a lui Antonescu a fost consolidarea alianţei cu Germania. Succesul acestui demers necesita respectarea termenilor Dictatului de la Viena, pe care, deşi îi displăcea personal, era hotărât să-l respecte pe deplin. De asemenea, a început să pună bazele noului rol al României într-o Europă dominată de nemţi, întărind legăturile militare şi economice cu Germania.

Viteza cu care Berlinul a răspuns la măsurile luate de Antonescu sugerează cât de importantă devenise România în planurile strategice germane din sud-estul Europei. Din cauza eşecului invadării Greciei de către italieni în octombrie 1940, Hitler hotărâse că era necesară o expediţie germană de despresurare şi că aceasta trebuia să treacă prin România şi Bulgaria. Însă rolul României în Est nu avea să se limiteze la acela de zonă de trecere şi furnizor de materii prime. Înrăutăţirea relaţiilor cu Uniunea Sovietică îl convinsese pe Hitler să grăbească soluţionarea conflictului germano-sovietic pe cale militară. În eventualitatea unui război, el intenţiona să atribuie României rolul vital de ancoră sudică a frontului estic german. Primele trupe germane au sosit în România la 10 octombrie 1940, ca răspuns parţial la solicitarea lui Antonescu de sprijin militar.

Pentru a se asigura de cooperarea deplină a României, Hitler l-a invitat pe Antonescu la Berlin în 21-24 noiembrie. Motivul oficial al vizitei era definitivarea aderării României la Pactul germano-italo-japonez, pe care Antonescu l-a semnat în data de 23. Însă mult mai importante au fost discuţiile lui Hitler cu Antonescu din ziua precedentă, care au influenţat în mod decisiv cursul relaţiilor germano-române. Antonescu i-a lăsat o impresie bună lui Hitler, de om de încredere, convingere care a dăinuit până la prăbuşirea celui dintâi în august 1944. Antonescu a insistat ca Dictatul de la Viena să fie revizuit. Hitler nu i-a promis nimic, spunându-i pur şi simplu că după război situaţia avea să fie diferită, însă Antonescu a luat afirmaţia ca pe un angajament de a schimba termenii dictatului. De atunci, problema Transilvaniei l-a preocupat în mod constant, fiind sigur că strânsa cooperare cu Germania era singura cale de a recupera teritoriile pierdute.

În vreme ce Antonescu îşi atinsese obiectivul principal în politica externă – o alianţă fermă cu Germania –, cooperarea lui cu Garda de Fier nu reuşise să instituie ordinea publică şi progresul economic pe care şi le dorea. Gardiştii s-au dovedit a fi parteneri incompetenţi şi nesiguri, care, în mod evident, nu împărtăşeau viziunea lui Antonescu asupra noii Românii.

Ambiţiile liderilor Gărzii nu cunoşteau margini. Aceştia au contestat autoritatea lui Antonescu, încercând să câştige controlul asupra poliţiei şi armatei, instituţii odinioară inaccesibile influenţei Gărzii. De asemenea, au creat o forţă separată, Poliţia Legionară, care era folosită împotriva rivalilor lor. Membrii acesteia erau recrutaţi din rândul celor mai puţin dezirabile elemente ale societăţii şi nu aveau pregătire profesională. Cu armata, Garda nu a avut succes. Corpul ofiţerilor fusese dintotdeauna ostil Mişcării Legionare, pe care o considera un element de dezordine şi subordonare faţă de Germania. Garda a reuşit să atragă câţiva adepţi doar la nivelurile inferioare.

Antonescu a luat măsuri drastice pentru a împiedica „spiritul legionar” să câştige un avanpost în armată. La 5 decembrie 1940, el a impus pedepse severe pentru „răzvrătire” şi „insubordonare”, inclusiv moartea pentru instigatorii şi liderii unor asemenea acţiuni. Aceste măsuri au reprezentat, fără îndoială, o reacţie la atrocităţile comise de bandele ucigaşe în ultima săptămână din noiembrie. Printre victime s-au numărat Nicolae Iorga şi Virgil Madgearu, care au fost luaţi din casele lor şi împuşcaţi, precum şi numeroşi foşti miniştri şi alţi oficiali, care s-au numărat printre cei 64 de prizonieri ucişi într-un masacru gardist în închisoarea Jilava, din apropierea Bucureştiului.

Conflictul dintre Antonescu şi Gardă avea legătură cu viziunile fundamental diferite privind forma pe care trebuia să o ia statul totalitar şi modul de administrare a acestuia. Horia Sima a cerut ca ţara să fie guvernată în acord cu „spiritul legionar”, mai precis, ca puterea să fie exercitată doar de Gardă şi activitatea politică a tuturor celorlalte grupuri să înceteze. La 28 octombrie Sima l-a acuzat pe Antonescu de încălcarea decretului de instituire a Statului Naţional-Legionar, deoarece acesta îngăduise funcţionarea Partidului Naţional-Ţărănesc şi a Partidului Liberal, chiar dacă numai pe hârtie. De asemenea, Sima a solicitat o „revoluţie economică”, prin care înţelegea aplicarea în România a principiilor naţional-socialiste germane, astfel încât toate aspectele vieţii economice să se afle sub control centralizat. Însă Antonescu nu avea de gând să lase statul sau economia să fie conduse de legionari. Până la sfârşitul toamnei adunase dovezi convingătoare ale incompetenţei şi lipsei lor de loialitate. Cu toate acestea, disputa sa cu Garda depăşea chestiunile ce ţineau de o administraţie eficientă şi de o politică economică coerentă. Era vorba de putere. Antonescu era hotărât să subordoneze Mişcarea Legionară propriei sale viziuni asupra unei Românii disciplinate şi organizate.

Întrucât relaţiile tensionate dintre Antonescu şi Horia Sima au degenerat în mod inevitabil în conflict deschis, Antonescu s-a consultat cu Hitler. În cadrul unei întruniri