Una dintre cele mai grave probleme interne cu care s-a confruntat regimul Antonescu a fost „problema evreiască”, cum a fost numită începând cu a doua jumătate a secolului al XIX-lea. Sentimentul naţional puternic şi obiectivele tactice de politică externă, mai curând decât antisemitismul doctrinar, au stat la baza încercărilor de a o „rezolva”. După instituirea Statului Naţional-Legionar, Antonescu şi Garda de Fier au trecut la românizarea economiei. Garda s-a folosit de ocazie pentru a-şi descătuşa forma violentă de antisemitism. Însă pentru Antonescu românizarea era unul dintre mijloacele pe care voia să le folosească pentru a crea o burghezie puternică, independentă, autohtonă, care să constituie baza politică şi socială a ţării. Astfel, el a iniţiat înlăturarea evreilor şi a străinilor din structura economică a ţării şi înlocuirea lor cu etnici români. O serie de decrete au expropriat terenurile rurale şi urbane deţinute de evrei (4 octombrie 1940), pădurile acestora (17 noiembrie 1940) şi din nou proprietăţile urbane (28 martie 1941). Printr-un alt decret (16 noiembrie 1940), industriile şi afacerile private erau obligate să-şi înlocuiască toţi angajaţii evrei cu etnici români până în data de 31 decembrie 1941. Deşi statisticile oficiale arătau că numărul evreilor din aceste întreprinderi fusese drastic redus, de la 28.225 în 1940 la 6.506 în primăvara anului 1943, rapoartele secrete mai credibile indicau faptul că mulţi evrei rămăseseră în fabrici (peste 21.000 în 1943), deoarece erau indispensabili pentru buna funcţionare a acestora.

Măsurile luate împotriva evreilor înaintea atacului asupra Uniunii Sovietice erau în primul rând de ordin economic, cu excepţia actelor violente comise de legionari împotriva anumitor indivizi. Însă, după 22 iunie 1941, politica oficială a căpătat forme mai ameninţătoare. Deportarea evreilor a început după recuperarea Basarabiei şi a nordului Bucovinei. Un număr mare de evrei, aproximativ 130.000, părăsiseră deja aceste provincii şi fugiseră în Uniunea Sovietică, pe măsură ce armatele română şi germană înaintau. Uciderea a 4.000 de evrei la Iaşi şi în cursul deportării în Muntenia, în 28-30 iunie, de către trupele germane şi române a confirmat faptul că fuga fusese o idee înţeleaptă. De îndată ce armata română a ocupat Transnistria, autorităţile române au început să-i deporteze pe evreii din Basarabia şi din nordul Bucovinei cât mai la est cu putinţă. Circa 110.000 de evrei au fost deportaţi în Transnistria între 1941 şi 1943 şi, din cauza condiţiilor înfiorătoare, cel puţin jumătate dintre ei au murit. O altă categorie de indezirabili a avut parte de o soartă asemănătoare. Aproximativ 25.000 de ţigani au fost deportaţi în Transnistria, dintre care 11.000 au murit, mulţi din cauza neglijării nevoilor umane elementare.

Regimul Antonescu nu a participat la deportarea în masă a evreilor pe care oficialii nazişti o organizau ca parte a „soluţiei finale” a lui Hitler la problema evreiască în Europa. La început, Antonescu s-a arătat interesat de proiect şi a acceptat ca evreii apţi de muncă din anumite judeţe din Banat şi Transilvania să fie strânşi începând din septembrie 1942 şi trimişi la Lublin. Însă deportările nu au avut loc. Antonescu şi-a schimbat politica faţă de evrei, de la eradicare la antisemitism separatist tradiţional. Principalele cauze par să fi fost situaţia militară incertă de pe Frontul de Est şi conştientizarea faptului că după război avea să dea socoteală pentru faptele sale.

Dezastrul de la Stalingrad a fost momentul de răscruce pentru participarea României în al Doilea Război Mondial. Convins că Germania nu putea câştiga războiul, Antonescu şi-a canalizat toate eforturile spre apărarea României de „marele pericol” din est. La urma urmei, acesta fusese principalul motiv pentru care intrase în război împotriva Uniunii Sovietice. În ciuda tensiunilor tot mai mari în relaţia cu Germania pe măsură ce forţele sovietice înaintau neobosit spre vest, politica sa a dat dovadă de o continuitate remarcabilă. Antonescu a menţinut alianţa cu Germania şi a furnizat aliatului său soldaţi şi matériel pentru efortul de război, dar, în acelaşi timp, s-a străduit să-i facă pe Aliaţii occidentali să înţeleagă „poziţia dificilă” a României. L-a încurajat pe Mihai Antonescu, vicepreşedintele Consiliului de Miniştri, să menţină contactul cu Aliaţii şi să le atragă atenţia asupra pericolului pe care Uniunea Sovietică îl reprezenta nu numai pentru Est, ci pentru întreaga Europă.

Până în primăvara anului 1944, alte forţe politice din România se alăturaseră efortului de a scoate ţara din război. Personajul-cheie a fost Iuliu Maniu, liderul opoziţiei democratice faţă de dictatura lui Antonescu. Între noiembrie 1942 şi martie 1943, acesta trimisese mai multe mesaje guvernului britanic pe diferite canale, inclusiv prin diplomaţi elveţieni şi turci, în care explica rolul României în război şi aspiraţiile sale. Maniu insista că opinia publică din România se împotrivise continuării războiului împotriva Uniunii Sovietice dincolo de Nistru şi că nu urmărea decât să asigure integritatea teritorială a ţării, inclusiv a nordului Transilvaniei. În toate mesajele lui Maniu era evident că, la fel ca Mihai Antonescu şi politicienii români în general, el considera Uniunea Sovietică principala ameninţare la adresa independenţei României şi vedea în Vest singura speranţă de a evita o ocupaţie sovietică.

Răspunsul iniţial al Marii Britanii a fost descurajant. În ianuarie 1943, Ministerul de Externe l-a informat pe Iuliu Maniu că hotarele României postbelice aveau să fie trasate în conformitate cu obiectivele generale ale Aliaţilor şi cu interesele de securitate ale Uniunii Sovietice. Implicaţia era cât se poate de clară : România nu putea spera să trateze doar cu Aliaţii occidentali, ci trebuia să ajungă la un acord şi cu Uniunea Sovietică.

Ion Antonescu a continuat să coopereze cu Germania, în ciuda dovezilor tot mai numeroase privind o catastrofă militară, deoarece nu vedea altă soluţie viabilă. Deşi îşi dorea cu orice preţ să evite subjugarea ţării de către Uniunea Sovietică, Antonescu se confrunta cu ameninţarea imediată a regimului germano-legionar, care,