Prima lui confruntare cu Duma a avut loc în 1908-1909, când corpul legiuitor a refuzat suplimentarea bugetului cu suma necesară lărgirii flotei, menită să compenseze pierderea suferită în războiul cu Japonia. Însă cel mai grav şi, în cele din urmă, cel mai dezastruos conflict s-a declanşat în martie 1911, în chestiunea extinderii zemstvelor în provinciile occidentale ale Imperiului. În momentul creării lui, în 1864, sistemul zemstvelor nu a inclus şi provinciile occidentale, teritorii obţinute în urma împărţirii Poloniei în secolul al XVIII-lea. Alegerile pentru zemstve erau astfel organizate încât să-i favorizeze pe marii proprietari, or, în regiunile respective, o mare parte a nobilimii era alcătuită din polonezi şi alte grupuri catolice, considerate ostile Rusiei. Stolîpin a ajuns la concluzia că sosise vremea ca omisiunea să fie îndreptată. A prezentat parlamentului un proiect de lege pentru alegerea unor zemstve în vest, printr-o procedură complicată, în care ruşii şi polonezii ar fi urmat să voteze în cadrul unor camere diferite. Evreii urmau pur şi simplu să fie lipsiţi de dreptul de a avea reprezentanţi. Măsura era minoră şi abia dacă ar fi atras atenţia, însă grupurile reacţionare, ostile lui Stolîpin şi conştiente că influenţa lui la Curte slăbise, au decis să o utilizeze ca un pretext pentru a-l înlătura. În mai 1910, proiectul privind zemstvele din provinciile occidentale a fost aprobat de Dumă cu un vot strâns şi trimis camerei superioare, în care aprobarea ar fi fost practic o formalitate. Însă, fără ştirea lui Stolîpin, doi din membrii Consiliului au obţinut permisiunea ţarului pentru ca deputaţii să fie lăsaţi să voteze aşa cum doreau şi nu aşa cum, de obicei, le cerea Curtea. Spre surprinderea şi indignarea lui Stolîpin, Consiliul a respins proiectul de lege.

Stolîpin şi-a înaintat demisia, dar s-a lăsat ulterior convins să renunţe la ea de către ţar, care nu bănuise cât de umilit avea să se simtă ministrul. La sugestia lui, Nicolae a suspendat lucrările celor două camere pentru trei zile, interval în care legea zemstvelor din provinciile vestice a fost promulgată pe baza Articolului 87. Era o mişcare fatală, care l-a îndepărtat pe Stolîpin de octombrişti şi i-a atras duşmănia Curţii: ţarul nu i-a iertat niciodată situaţia delicată în care fusese pus. Stolîpin ştia, ca şi ceilalţi, că era sfârşitul carierei lui politice.

La începutul lui septembrie 1911, Stolîpin a însoţit familia imperială la Kiev, pentru festivităţile ocazionate de dezvelirea monumentului lui Alexandru al II-lea. Poliţia primise avertismente privind posibile atacuri teroriste şi măsurile de securitate fuseseră sporite. Stolîpin a sfidat ameninţările, refuzând să poarte o vestă antiglonţ şi să fie urmat îndeaproape de gărzile de corp. În timpul unui spectacol la opera din Kiev, un terorist s-a apropiat şi a tras două gloanţe de la mică distanţă, unul dintre ele lovindu-l pe Stolîpin în ficat. Ancheta a scos la iveală că asasinul, un tânăr dintr-o familie bogată, era agent dublu şi lucra pentru poliţie, fiind în acelaşi timp în legătură cu cercurile teroriste. Inventând o poveste despre un atentat împotriva ţarului, plănuit să aibă loc în timpul spectacolului, reuşise să pătrundă în operă sub pretext că voia să descopere presupusul terorist. Ţarul şi soţia lui nu au părut prea afectaţi de moartea ministrului, de care considerau că se pot dispensa cu uşurinţă, dat fiind că regimul redevenise stabil.

Stolîpin şi-a depăşit cu mult atât predecesorii cât şi succesorii, prin modul în care a ştiut să pună de acord viziunea a ceea ce era necesar cu un lucid simţ al posibilului; omul de stat şi politicianul se îmbinau în el într-un mod unic. Witte, singura personalitate de o anvergură comparabilă cu a lui, era un politician strălucit şi plin de realism, dar avea un temperament mai degrabă de executor decât de conducător şi o oarecare doză de oportunism. Stolîpin a fost practic singurul prim-ministru al deceniului constituţional care a tratat cu Duma ca un partener în efortul comun de construcţie a unei Rusii puternice şi măreţe, nu ca un intendent regal. Monarhist convins, el se considera totodată pus în slujba naţiunii.

Şi totuşi: dacă vrem să fim realişti, nu putem susţine, aşa cum fac unii conservatori ruşi, că, dacă Stolîpin ar fi supravieţuit, revoluţia rusă nu ar mai fi avut loc. Reformele lui fie au eşuat, fie nu au fost puse în practică. Cariera lui politică era deja încheiată atunci când s-a prăbuşit sub gloanţele atentatorului şi fără îndoială că ar fi fost curând destituit. Deşi ucis de un revoluţionar, Stolîpin a fost în fapt distrus ca om politic de chiar aceia pe care îi slujise şi pe care încercase să-i salveze.

Cei trei ani care s-au scurs între moartea lui Stolîpin şi izbucnirea celui de-al doilea război mondial au fost marcaţi de tendinţe contradictorii, unele conducând spre stabilizare, altele prevestind catastrofa.

Situaţia Rusiei părea, la prima vedere, promiţătoare. Represiunile lui Stolîpin şi avântul economic cu care, întâmplător, acestea au coincis reuşiseră să restaureze ordinea. Conservatorii şi radicalii, deşi cu sentimente diferite, recunoşteau că monarhia supravieţuise cu bine Revoluţiei din 1905. Economia prospera. Faţă de 1900, producţia de fier era în 1913 cu peste 50% mai mare, iar cea de cărbune se dublase; nivelul exporturilor şi al importurilor se dublase de asemenea. Un economist francez previziona în 1912 că, dacă Rusia avea să-şi menţină până la jumătatea secolului ritmul de creştere economică pe care îl cunoscuse începând cu 1900, ar fi ajuns să domine Europa din punct de vedere economic, politic şi financiar. În mediul rural domnea liniştea. Creşterea numărului de greve în industrie nu prevestea neapărat o revoluţie, fiindcă acelaşi fenomen se întâlnea în anii din preajma primului război mondial şi în Marea Britanie sau Statele Unite. În Rusia fenomenul era expresia unei creşteri a puterii sindicatelor, pe care legislaţia anilor 1905–1906 o făcuse posibilă. Opinia publică începea să încline spre dreapta. Socialismul îşi pierdea forţa de atracţie, fiind înlocuit de patriotism şi gustul pentru estetică.

În ciuda acestor tendinţe pozitive, Rusia rămânea o ţară agitată şi marcată de probleme. Nici violenţele din 1905, nici reformele lui