Întors acasă în 1847, lucrează o vreme ca jurnalist la Schleswig-Holsteinische Zeitung – o activitate pe care n-o va părăsi definitiv nici în anii săi de glorie, cînd nu înceta să scrie şi să publice, zi de zi, vreme de decenii, editoriale, adesea incendiare, în marile ziare liberale ale vremii. De altfel, anii 1847 şi 1848 sînt dominaţi de febra politicului, de aspiraţii revoluţionare şi de acţiuni publice care atestă ferventul naţionalism german şi viziunea liberală foarte decisă, chiar dacă nu radicală, favorabilă unei monarhii constituţionale. Devenit profesor extraordinarius de drept roman la Universitatea din Leipzig, îl regăseşte acolo pe prietenul Otto Jahn şi se apropie de alţi liberali entuziaşti, ca Moritz Haupt sau Karl Reimer – editorul care îi va deveni socru şi căruia i se datorează ideea redactării Istoriei romane. Într-adevăr, entuziasmat de o prelegere înflăcărată a lui Mommsen despre Tiberius Gracchus, tribunul plebei care a încercat să revoluţioneze instituţiile Romei republicane, Reimer îi oferă lui Mommsen ocazia de a publica o lucrare, oricît de amplă, despre istoria Romei, de la origini pînă la prăbuşirea imperiului: o istorie îmbogăţită cu noile documente şi mai ales cu noile concepte pe care Mommsen le dezvolta în lecţiile sale.

Primul volum, consacrat epocii de început a Romei, va fi încheiat însă în exil, la Zürich, în Elveţia, căci, între timp, în februarie 1848, Mommsen, Jahn şi Haupt participaseră activ la evenimentele revoluţionare din acest an, fuseseră arestaţi şi, cu toate că evitaseră condamnarea, fuseseră daţi afară de la Universitate fiindcă purtarea lor stîrnea scandal şi dădea un prost exemplu tineretului studios.

Mommsen este invitat ca profesor la Zürich, dar nu se adaptează mediului intelectual de aici. De altfel, cei mai severi şi mai critici comentatori ai operei sale, de atunci şi din anii care au urmat, erau profesori la aceeaşi universitate: Bachofen, care va deveni celebru ca autor al faimoasei teze despre matriarhat, Das Mutterrecht, Nietzsche, prietenul de atunci al lui Richard Wagner, şi el rezident în Elveţia (şi pe care Mommsen l-a detestat toată viaţa), care pregătea revoluţionara Naşterea tragediei, sau Burkhardt, istoricul atît de cunoscut al civilizaţiilor, priveau cu suspiciune viziunea lui Mommsen asupra Romei şi legilor ei. O considerau modernizatoare, excesiv de raţionalizantă şi seculară, în vreme ce, din punctul lor de vedere, reminiscenţele unui mod arhaic de organizare socială şi de gîndire meritau să fie prioritar relevate, iar legislaţia romană trebuia să fie înţeleasă în esenţa ei ca o legislaţie sacră, formulată în termeni teologici. Atmosfera nu foarte amicală de la universitatea elveţiană se adăuga impacienţei cu care Mommsen suporta amînarea marilor sale proiecte de Großwissenschaft, pe care le considera posibile doar sub auspiciile Academiei din Berlin. De aceea, în 1852 acceptă cu bucurie o catedră la Breslau şi, după alţi patru ani, o poziţie de ordinarius (profesor titular) la Universitatea din Berlin, unde rămîne vreme de 45 de ani, pînă la moartea survenită la 1 noiembrie 1903, mai întîi la Facultatea de Drept, apoi la cea de Filozofie şi Litere.

În paralel, desfăşoară o intensă activitate politică, în calitate de publicist, dar şi de fondator, apoi de parlamentar al Partidului Progresist German (Deutsche Fortschrittspartei) de orientare liberală. În 1870, după o recenzie demolatoare a lui Mommsen5, Bachofen se va îndrepta explicit împotriva acestuia ca încarnare, împreună cu Ranke, a „Prusiei lui Bismarck”. Această caracterizare e greu de acceptat ad litteram pentru Mommsen, aflat ani de zile într-un disidiu făţiş, constant şi, nu o dată, violent cu Bismarck, pe care îl considera principalul vinovat de deficitul democratic al Prusiei wilhelmine, în aşa măsură încît „Cancelarul de Fier” îl va da în judecată pentru calomnie. La procesul intentat de Bismarck, Mommsen se apără singur cu strălucire, este achitat triumfal, dar renunţă la cariera politică activă şi se retrage în cercetare şi jurnalism de opinie, rămînînd la fel de critic faţă de Prusia contemporană pînă şi în testamentul său, unde scria: „Nu am avut niciodată o funcţie politică şi influenţă politică, dar nici nu am năzuit să le deţin6. Însă în eul meu cel mai profund – şi cred că în ceea ce era mai bun în mine –, am fost întodeauna un animal politicum şi am dorit să fiu un cetăţean. Asta nu e cu putinţă în naţiunea noastră; chiar şi cei mai buni dintre noi nu se ridică niciodată dincolo de a-şi face simpla datorie la locul lor, tratînd autoritatea politică drept fetiş. Această ruptură dintre eul meu interior şi poporul căruia îi aparţin m-a determinat cu tărie şi constanţă să apar cît mai puţin posibil ca persoană în faţa publicului german, pentru care nu am nici un respect”.

Nici asemănarea cu Ranke nu e atît de evidentă pe cît îi putea părea lui Bachofen: deşi Mommsen se referă la documentele epigrafice ca la o arhivă, într-un sens apropiat de cel pe care Ranke îl conferea conceptului de Archiv atunci cînd publica documentele veneţiene, există deosebiri importante sub aspect metodologic şi conceptual între cei doi mari istorici ai secolului al XIX-lea. Dar, într-un sens mai general, transformarea ştiinţelor germane ale Antichităţii, Altertumswissenschaft, într-o disciplină de cercetare pozitivistă şi extrem de specializată, întemeiată pe editarea critică şi pe utilizarea sistematică a surselor primare, se înscrie perfect în atmosfera unei epoci care instituţionalizează, ordonează, unifică – disciplinează chiar – universul social7. Tensiunea dintre stabilitatea instituţiilor şi aspiraţia către revoluţionarea acestora, perceptibilă în opera de istoric al Romei pe care Mommsen a lăsat-o posterităţii, transpare deopotrivă şi în opţiunile sale politice, constant liberale şi totuşi destul de contradictorii în relaţie cu puterea.

Membru şi, din 1874, secretar al Academiei Regale Prusace, Mommsen este un fondator de instituţii savante, care construieşte, organizează şi controlează direct un număr impresionant de mari opere colective. Mommsen a